Juninho, Leandro e Mariana são crianças curiosas e que resolvem conferir se uma determinada lenda da cidade é verdadeira. A tal lenda diz que à meia-noite, na imponente biblioteca da cidade, as histórias dos livros tomam vida. Eles conseguem chegar à biblioteca e lá conhecem uma carismática senhora, conhecida como dona Lete, que revela que é possível sim viver as aventuras dos livros. Com ajuda de dona Lete e uma ampulheta mágica, a pequena trupe se adentra numa emocionante história no interior do corpo humano. Num barco-nave, eles conhecem células amigas e participam de uma batalha contra invasores; viajam pelo grande tubo digestivo e entendem como funciona o processo da digestão; desbravam e compreendem a importância do coração, pulmão e cérebro. Esta incrível aventura marca para sempre a vida destas crianças.